รางวัลโรงเรียนพระราชทาน เกิดขึ้นจากน้ำพระทัยอันเปี่ยมด้วยพระเมตตาของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) ที่ทรงมีพระราชปรารภแด่ ฯพณฯ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ม.ล.ปิ่น มาลากุล) ในปี พ.ศ. ๒๕๐๖ เมื่อครั้งเสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดงานแสดงศิลปหัตถกรรมนักเรียนประจำปีการศึกษา ๒๕๐๖ และพระราชทานรางวัลให้แก่โรงเรียนราษฎร์สอนศาสนา อิสลามซึ่งจัดการศึกษาดีเด่น ใจความของพระราชปรารภมีว่า “มีนักเรียนจำนวนมากซึ่งมีความประพฤติดี และมีความมานะพยายามศึกษาเล่าเรียนได้ผลดีรวมทั้งมีโรงเรียนซึ่งจัดการศึกษาดีจนนักเรียนได้รับผลการเรียนดีเป็นส่วนรวม นักเรียนและโรงเรียนที่มีคุณสมบัติดังกล่าว สมควรจะได้รับรางวัลพระราชทานและทรงยินดีจะพระราชทานรางวัลให้” กระทรวงศึกษาธิการ (โดยกรมวิชาการซึ่งเป็นหน่วยงานในขณะนั้น) ได้น้อมนำพระราชปรารภมาพิจารณาดำเนินการด้วยความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณเป็นล้นพ้น และถือเป็นภารกิจสำคัญที่ปฏิบัติสืบต่อมาจนถึงทุกวันนี้เพราะนอกจากจะเป็นโอกาสอันดีในการทำกิจกรรมที่สนองพระราชปรารภของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพล อดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) แล้ว รางวัลพระราชทานยังเป็นเครื่องกระตุ้นให้เกิดการยกระดับและพัฒนามาตรฐานคุณภาพการจัดการศึกษาของชาติให้ดียิ่งขึ้นด้วย จึงเป็นที่ตระหนักชัดว่าพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) ทรงมีวิสัยทัศน์กว้างไกล ทรงเล็งเห็นความสำคัญในการส่งเสริมการศึกษาของชาติ พระราชทานขวัญกำลังใจแก่นักเรียนที่มีความประพฤติดีมีผลการเรียนดี ตลอดถึงผู้บริหารสถานศึกษาที่จัดการศึกษาได้มาตรฐานดีเยี่ยม ด้วยการพระราชทานรางวัลให้ซึ่งในระยะแรกทรงพระราชทานด้วยพระองค์เอง ปัจจุบันพระราชภาระการพระราชทานรางวัลนี้ได้รับพระเมตตาจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
รางวัลโรงเรียนพระราชทาน เป็นรางวัลที่ทรงคุณค่าและเป็นเกียรติประวัติต่อผู้รับอย่างสูงสุดคุณความดีจะถูกประกาศและเผยแพร่ไปยังสาธารณชนทั่วไป นักเรียนและสถานศึกษาที่ผ่านการตัดสินต้องมีสิ่งที่แสดงให้เห็นถึงความยอดเยี่ยมอย่างโดดเด่นชัดเจน และผู้ที่ได้รับรางวัลไปแล้วจะต้องดำรงรักษาคุณความดีนั้นให้ยาวนานสืบไป
ปัจจุบันกระทรวงศึกษาธิการ โดยสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน เป็นผู้ดำเนินการคัดเลือกนักเรียนและสถานศึกษาเพื่อรับรางวัลพระราชทานระดับการศึกษาขั้นพื้นฐาน การคัดเลือกนักเรียนเพื่อรับรางวัลพระราชทาน แบ่งเป็น ๓ ระดับ ได้แก่ ๑) ระดับประถมศึกษา ๒) ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และ๓) ระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ส่วนการคัดเลือกสถานศึกษาเพื่อรับรางวัลพระราชทาน แบ่งเป็น ๓ ระดับ ได้แก่ ๑) ระดับก่อนประถมศึกษา ซึ่งเป็นการประเมินการเตรียมความพร้อมของนักเรียนใน ๔ ด้าน คือ ด้านร่างกาย ด้านอารมณ์ ด้านสังคม และด้านสติปัญญา ๒) ระดับประถมศึกษา และ ๓) ระดับมัธยมศึกษา ในการคัดเลือกกำหนดให้ใช้แบบประเมินและคู่มือการประเมิน ตามที่สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานจัดทำขึ้น ทั้งนี้เป็นไปตามประกาศของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานและประกาศกระทรวงศึกษาธิการ สถานศึกษาที่มีสิทธิ์เข้ารับการประเมินและคัดเลือกเพื่อรับรางวัลพระราชทานระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษา ได้แก่ โรงเรียนระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษาที่จัดการศึกษาตามแผนการศึกษาแห่งชาติฉบับปัจจุบันทั้งของรัฐและเอกชนที่ไม่เคยได้รับรางวัลพระราชทาน หรือเคยได้รับรางวัลพระราชทานมาแล้ว ไม่น้อยกว่า ๓ ปี และเป็นสถานศึกษาที่สามารถจัดการศึกษาได้มาตรฐานและมีคุณภาพ ๕ ด้าน (สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน. ๒๕๖๐) ต่อไปนี้
ด้านที่ ๑ คุณภาพนักเรียน
ด้านที่ ๒ การบริหารหลักสูตรและงานวิชาการ
ด้านที่ ๓ การบริหารและการจัดการศึกษา
ด้านที่ ๔ การจัดการเรียนรู้ที่เน้นนักเรียนเป็นสำคัญ
ด้านที่ ๕ ความดีเด่นของสถานศึกษา
โรงเรียนเอกอโยธยา เป็นโรงเรียนเอกชนประเภทสามัญศึกษา สังกัดสำนักงานศึกษาธิการจังหวัดพระนครศรีอยุธยา สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่เลขที่ ๓๗๗ หมู่ที่ ๒ ตำบลสามเรือน อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา บริหารงานโดย ดร. สาธินี ผ่องอักษร ผู้รับใบอนุญาตและผู้อำนวยการโรงเรียน ด้วยปณิธานแน่วแน่และมีความมุ่งมั่นในการสร้างโรงเรียน สร้างเด็กให้มีคุณภาพ เป้าหมาย คือ ต้องการให้นักเรียนทุกคน พัฒนาความรู้ คุณธรรม และคุณลักษณะอันพึงประสงค์เต็มตามศักยภาพของตนบนพื้นฐานความแตกต่างระหว่างบุคคล จึงน้อมนำพระราชปรารภของพระสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) มาเป็นแนวทางในการยกระดับการส่งเสริมและพัฒนามาตรฐานคุณภาพการจัดการศึกษาของโรงเรียนและพัฒนาให้ดียิ่งขึ้นไป และได้ดำเนินการมาอย่างต่อเนื่อง โรงเรียนเอกอโยธยาจึงเจริญเติบโตแบบก้าวกระโดดอย่างรวดเร็ว มั่นคง เป็นโรงเรียนยอดนิยมที่มีคุณภาพโรงเรียนหนึ่งของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา และเป็นโรงเรียนที่ได้ขอรับการประเมินและผ่านการตัดสินจนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานมาแล้วทั้ง ๓ ระดับชั้น ดังนี้
พ.ศ. ๒๕๕๙ รางวัลโรงเรียนพระราชทานประเภทระดับประถมศึกษา (ขนาดใหญ่)
จากผลการประเมินและผ่านการตัดสินจนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทาน ย่อมแสดงให้เห็นว่าโรงเรียนเอกอโยธยา มีการจัดการศึกษาและพัฒนามาตรฐานคุณภาพการจัดการศึกษา มุ่งเน้นพัฒนานักเรียนทั้งด้าน ร่างกาย สติปัญญา และจิตใจ สามารถก้าวสู่โลกภายนอกได้อย่างเข้มแข็ง
