เมื่อวันพุธที่ 18 มิถุนายน 2568 โรงเรียนเอกอโยธยาจัดการเลือกตั้งประธานนักเรียน และสภานักเรียน ประจำปีการศึกษา 2568 ของระดับชั้นประถมศึกษา และระดับชั้นมัธยมศึกษา ด้วยระบบการเลือกตั้งผ่านสื่ออิเล็กทรอนิกส์ iPad โดยใช้รหัสนักเรียนในการยืนยันสิทธิเพื่อลงคะแนนในคูหาเลือกตั้ง ดำเนินการจัดการเลือกตั้งโดยคณะกรรมการการเลือกตั้งพี่ ๆ ระดับชั้น ม.6 ทีมสภานักเรียนชุดเก่า ผลการเลือกตั้งในระดับชั้นประถมศึกษาพรรคที่ชนะการเลือกตั้งได้แก่ เบอร์ 3 พรรค Do it for the dream และระดับชั้นมัธยมศึกษาได้แก่ เบอร์ 3 พรรค AAY Boost Boost ในปีการศึกษานี้