โรงเรียนเอกอโยธยา ได้ให้ความสำคัญกับจัดการอนามัยสิ่งแวดล้อมในโรงเรียน โดยเฉพาะส้วมสาธารณะของโรงเรียนที่ได้พัฒนาและปรับปรุงให้ได้มาตรฐาน HAS ตามที่กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุขกำหนด ซึ่งเป็นการสร้างสุขภาพที่ดีอย่างยั่งยืน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้โรงเรียนมีห้องส้วมสาธารณะสำหรับบริการนักเรียน ครู และบุคลากร รวมถึงผู้มาติดต่อขอรับบริการในโรงเรียนอย่างเพียงพอและเหมาะสม และมีความสะอาด และปลอดภัย ตามมาตรฐาน HAS ของกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข
การพัฒนาส้วมสาธารณะของโรงเรียนให้ได้มาตรฐาน และมีการบริหารจัดการที่ดีสามารถเป็นต้นแบบที่ดีให้กับสถานการศึกษาอื่นได้ โรงเรียนได้ดำเนินการตามเกณฑ์และตัวชี้วัดส้วมสาธารณะระดับประเทศ (HAS) ของกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข คือ 1) สะอาด (Healthy) หมายถึง ส้วมจะต้องได้รับการดำเนินการให้ถูกหลักสุขาภิบาล เช่น ห้องส้วมและสุขภัณฑ์ทั้งหมดจะต้องสะอาด ไม่มีกลิ่นเหม็น มีน้ำสะอาด สบู่ล้างมือ กระดาษชำระเพียงพอ การเก็บกักหรือบำบัดสิ่งปฏิกูลถูกต้องและมีสภาพแวดล้อมสวยงาม ซึ่งจะมีผลดีทั้งร่างกายและจิตใจของผู้ใช้บริการ 2) เพียงพอ (Accessibility) หมายถึง ต้องมีจำนวนส้วมให้เพียงพอแก่ความต้องการของผู้ใช้ รวมถึง ผู้พิการ ผู้สูงวัย หญิงมีครรภ์ และส้วมต้องพร้อมใช้งานตลอดเวลาที่เปิดให้บริการ 3) ปลอดภัย (Safety) หมายถึง ผู้ใช้บริการจะต้องปลอดภัยขณะใช้ส้วม เช่น สถานที่ตั้งส้วม
นอกจากพัฒนาส้วมภายในโรงเรียนจนได้มาตรฐานและได้รับรางวัลแล้ว โรงเรียนยังได้ขยายผลและสร้างเครือข่ายโดยเป็นโรงเรียนต้นแบบที่ดีให้กับสถานศึกษาอื่น รวมทั้งฝึกอบรมให้ความรู้แก่โรงเรียนที่เป็นเครือข่ายทั้งภาครัฐและเอกชน อาทิ โรงเรียนเชียงรากน้อย โรงเรียนวัดบ้านสร้าง โรงเรียนราษฏร์นิรมิตร โรงเรียนไทยประสิทธิ์สาท และโรงเรียนเทพประสิทธิ์ รวมทั้งเป็นแหล่งเรียนรู้ที่โรงเรียนอื่นๆ ขอมาศึกษาดูงานอยู่เนืองๆ

ใน พ.ศ. 2560 โรงเรียนเอกอโยธยา ได้รับโล่รางวัลสุดยอดส้วมแห่งปี 2560 จากกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ในประเภทสถานศึกษา ซึ่งในปีนี้มีสถานศึกษาเพียง 1 แห่งเท่านั้นที่ได้รับรางวัล ซึ่งเป็นความภาคภูมิใจของโรงเรียนเอกอโยธยาเป็นอย่างยิ่ง